ヴェンツェルが時空制御塔を占領し人類の支配を行おうとした、あの事件（前作の物語）から1年…。世界には平和な時が流れていた。あの激動を生きのび、騎士の称号を手にしたバーンシュタインの若者ウェイン・クルーズとマクシミリアン・シュナイダーは互いの目標を成し遂げるため、それぞれの道を歩んでいた。

ある日、第二師団に籍を置き、インペリアル・ナイトを目指すウェインは軍を退役して政治の道へと進んだ親友シュナイダーの呼び出しを受ける。ランザックとの国境沿いに出没する武装集団による被害を調査するという何の変哲もない任務だ。ウェインは二人の供と調査に向かう。これが自分たちの運命をかえるべき事件になるとは知らずに…。